本丸は堀越城の中央やや西側に位置しています。
五角形の形をしており、高さ約３ｍの土塁と、幅15～20ｍの内堀に囲まれています。東側と西側の２か所に出入口（虎口[こぐち]）があり、門の跡が確認されています。本丸東門は３棟の建物で構成されており、南北幅32.5ｍの規模を有する大型の建物で、内堀を隔てた三之丸とは木橋でつながっています。本丸西門は幅2.4ｍと狭く、両側に土塁が迫っています。二之丸とは土橋でつながっています。
本丸の北側やや東寄りからは、石の基礎（礎石）を使用した、城内で最も大きな建物跡が確認されています。「広間[ひろま]」と称するこの建物は、城主が家臣や使者と謁見[えっけん]する公的な場であり、城内で最も格式の高い建物であったと想定されています。なお、広間の南側からは庭と想定される痕跡も確認されています。
本丸内には、広間の他にも、城主の私的な（奥向きの）場である「居間」「台所」「長局[ながつぼね]（大奥）」などの建物が建ち並び、本丸御殿[ごてん]を形成していたと考えられますが、これまでの発掘調査で全容が明らかとなったのは広間のみです。「居間」「台所」「長局」などの奥向きの建物群は、本丸の南西側から南側（現在の熊野宮境内）に位置していたものと思われます。
現在、本丸を取り囲んでいる土塁・内堀のかたちや、東西の門、本丸御殿広間などの建物は、弘前藩初代藩主津軽為信が、前身の大浦城から堀越城へと本拠を移転した文禄３（1594）年に構築されたものと想定されています。建物については、その後、慶長16（1611）年に２代藩主信枚が弘前城へと本拠を移転した際に取り壊されたようです。
整備前の本丸（2004年、西から）
本丸の調査風景（2005年、南西から）
整備後の本丸（2014年、北西から）
本丸全景（2020年、南東から）
